Prema mitologiji Anafi je ime dobilo po reči anafanike-, što znači izdigla se iz Egejskog mora, po Apolonovoj želji da pruža mesto odmora za umorne i namučene olujom Argonaute. Oni su u njegovu čast sagradili hram Apolonu Astealta u blizini manastira Živonosni Istočnik. Svake godine slavili su boga na ceremoniji koja se zvala Iakintia. Po drugoj verziji ostrvo je bilo domovina Eola, boga vetrova koji je Odiseju dao torbu sa vetrom. U mestu Anafi doselili su se najpre Feničani, a zatim Dorani, koji su naselili centralni deo ostrva i podigli grad Anafi. U 5. v pne Anafi je postala član atinskog saveza, u srednjem veku ostrvo je pripadalo vladi Νaksosa i Venečanima koji nisu mogli da ga odbrane od napada gusara, što je nateralo stanovnike u beg na Krit. 1537.godine ga je opustošio Barbarosa, palo je pod tursku vlast, učestvovalo je i u ustanku 1821. i pripalo grčkoj državi 1832.godine.