Μικρό και το Μεγάλο Χωριό. Το Μεγάλο Χωριό είναι ο μεγαλύτερος και αρχαιότερος οικισμός του νησιού, αθέατος από τη θάλασσα. Αρχιτεκτονικό χαρακτηριστικό του αποτελεί ο πέτρινος τοίχος γύρω από τα σπίτια, με μεγάλες πόρτες-εισόδους. Η περιοχή του Καθολικού, στα Β.Α. φιλοξενεί ιχθυοκαλλιέργειες και συγχρόνως αποτελεί αλιευτικό καταφύγιο, ως φυσικό λιμάνι.Στο Αγαθονήσι υπάρχουν διάσπαρτες πολλές εκκλησίες και εξωκκλήσια, που αξίζει να επισκεφθείτε, όπως ο Μητροπολιτικός Ιερός Ναός του Αγίου Γεωργίου, Ιερός Ναός της Παναγίας, Ιερός Ναός της Ζωοδόχου Πηγής, Ιερός Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, Εξωκκλήσι του Αγίου Ραφαήλ, Εξωκκλήσι του Αγίου Χαραλάμπου, Ιερός Ναός Αγίας Ειρήνης, Ιερός Ναός του Αγίου Ιωάννη, Εξωκκλήσι του Αγίου Νικολάου, Εξωκκλήσι του Αγίου Παντελεήμωνος, Εξωκκλήσι της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος στις οποίες πραγματοποιούνται ενδιαφέροντα πανηγύρια, κατά την διάρκεια του έτους, με μεγαλύτερα αυτό του Αγίου Παντελεήμονα στις 27 Ιουλίου, τα εννιάμερα της Παναγίας στις 23 Αυγούστου στο Μεγάλο Χωριό και του Άϊ-Γιάννη του Θερμαστή (αποκεφάλιση του Προδρόμου) στις 29 Αυγούστου.