Η ιστορία της Μονής του Αγίου Γεωργίου, χάνεται στα βάθη των αιώνων. Η Μονή μεταφέρθηκε στη σημερινή της θέση, από μια περιοχή που βρίσκεται λίγο πάνω από τα Λουτρά της Αιδηψού. Στη θέση που υπήρχε η παλιά Μονή υπάρχει σήμερα ένα μικρό εκκλησάκι στο όνομα του Αγίου Γεωργίου. Το σημείο στο οποίο βρίσκεται η Μονή των Ηλίων είναι μια τοποθεσία εκπληκτικής ομορφιάς. Οι περιηγητές του 19ου αιώνα αναφέρονται στα πολλά αρχαία λείψανα κτιρίων που υπήρχαν στην περιοχή ταυτίζοντας την θέση με αυτή του Μαντείου του Σελινουντίου Απόλλωνος στο οποίο αναφέρεται ο Στράβων (Χ, 445). Δεν ξέρουμε την ακριβή χρονολογία ίδρυσης της Μονής.
>Πολλοί μελετητές την ταυτίζουν με την μονή στην περιοχή Θέρμαι για στην οποία αναφέρεται ένας σίγιλλος του Πάπα Ινοκεντίου του Γ τοποθετώντας την ύπαρξή της ήδη από τον 12ο αιώνα. Οι μελετητές πάντως θεωρούν σαν πιθανή ημερομηνία ίδρυσης μία ημερομηνία πριν από τον 15ο αιώνα. Η θεωρία βασίζεται στην ταύτιση της Μονής του Αγίου Γεωργίου με αυτήν του Aja jorgy όπως την αναφέρει ο Τούρκος ναύαρχος και περιηγητής Piri Re`is.